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Im ersten Jahrzehnt seit der Gründung des ZMT war die Mangrovenforschung im Verbundprojekt MADAM in Nordwest-Brasilien die tragende Säule des Institutes. Im BENEFIT-Programm untersuchten Wissenschaftler des ZMT in Namibia und Südafrika die Ökologie des Benguela- Auftriebsgebietes und seiner Fischereiressourcen. Die Forschung in Korallenriffen gemeinsam mit vier Nationen des Nahen Ostens gewann schrittweise an Bedeutung für das Institut, nachdem ihm 1995 vom BMBF die Federführung für das Rote-Meer-Programm übertragen worden war. In den folgenden Jahren wurden Langzeitprojekte in Ländern entwickelt, in denen Abkommen über wissenschaftlich-technologische Zusammenarbeit mit Deutschland bestanden. Beispiele sind die Projekte mit Indonesien (SPICE I, II & III), China (LANCET) und in der Region des südlichen Afrika (GENUS). Heute decken die Forschungsregionen des ZMT nahezu den gesamten Tropengürtel ab.

Seit seiner Gründung hat das ZMT den Aufbau von Infrastrukturen mit Partnern in tropischen Ländern unterstützt. Eine ehemalige Feldstation in Bragança (Brasilien), die im Rahmen des MADAM-Programms initiiert wurde, war die Keimzelle für ein heute gut etabliertes Forschungsinstitut der Bundesuniversität Pará (UFPA, Campus Bragança).

Die ZMT-Feldstation am 'International Tropical Marine and Earth Science Laboratory' (ITMEL) in Indonesien) wurde gemeinsam mit dem lokalen Partner, der Universitas Jenderal Soedirman, während des SPICE-Projekts entwickelt und betrieben. Beides sind Paradebeispiele für Unterstützung und Übergabe als ein Teil der Institutstrategie.

 

Regionale Schwerpunkte der Forschungs- und Ausbildungsprojekte am ZMT liegen in: